３月２０日投票结束以来，岛内选举争议持续不断，蓝绿双方就此进行激烈攻防；各阵营或政党内部矛盾开始暴露，就路线问题、世代交替、“立委”提名等展开新一轮角力；陈水扁则逐步展开执政布局，开始进行大规模人事调整，并抛出“和平稳定架构”、“公投制宪”等言论。这段时间的台湾政局动荡不安，未来发展令人堪忧。
    蓝绿围绕选举争议继续展开攻防，“政变”说使两大阵营矛盾进一步激化。选后泛蓝以“验票”、调查枪击案真相和“国安机制”启动影响选情三大诉求提出“选举无效”的诉讼，并接连在“总统府”前举行大规模集会。泛绿则极力抹黑泛蓝的抗争是“输不起”，抗争活动中发生的暴力行为及造成的社会动荡应由连宋二人负责，以降低其诉求的正当性。甚至李登辉４月２４日指出国亲在“３·２０”后的行为是“军事政变”，而陈水扁也于４月２５日提出，泛蓝的游行是“七日政变流产”。“政变”说不但引起了泛蓝的极大反弹，国亲要求陈、李就此事道歉，并欲告二人诽谤，还引起了台军的激烈反应，军方发言人多次发表谈话，强调“军队不是政争的工具”，“政变”说已经伤害到军方的中立形象。
    国、民、亲三党在蓝绿对抗的大背景下，各自进行政党转型和世代交替，政党之间的矛盾和各党党内矛盾有所激化。就泛蓝阵营而言，由于再次败选，直接面临着外有分化压力和内有合作隐忧的困境。一是经过系列抗争冲突后，连宋马三人的声望遭受重挫，支持度大幅下滑，导致两党对于是否持续抗争及抗争形式争论不断；二是“连宋王马”的互信危机有所加剧，国民党内不时出现反对亲民党主导抗争的作法，要求与之划清界限，宋楚瑜点名批评马英九遣散集会群众的作法也一度引发“保马”、“批马”的论战；三是两党出于扩张自身实力、防范对方坐大考虑，国民党意欲稳住第一大在野党地位，亲民党则突出成长为第二大党的诉求，目前确定年底“立委”选举不再联合提名，而是采取策略联盟、“总额管制”的办法，强调两党“兄弟登山、各自努力”。
    从国亲两党内部角度来看，国民党的政党转型、世代交替与本土化相互交织，因而进展缓慢。在世代交替方面，王金平等高层政要认为没有立即进行世代交替的必要，需要强化连战领导核心；而多位中常委及部分党籍“立委”则要求尽快进行权力接班。在党务改造方面，前后有三批党籍“立委”与连战会面，要求林丰正等党务高级主管引咎辞职，强调不能以团结掩盖改革；以连战、林丰正为首的“正蓝派”虽也强调不改造将使政党泡沫化，但迟迟不进行相关调整；双方角力的初步结果是在党内成立“特别策略委员会”，下设决策拟定、真相调查、“立委”辅选和党务改造４个小组，分别由６位党主席担任召集人，但是此举还是让党内改革派相当失望。在路线争议方面，党内对于是否确定本土路线仍无定论，徐中雄等本土派人士强烈要求确立“本土路线”，但有更多人士质疑李王关系和王金平的个人能力。相对地，亲民党的凝聚力要比国民党强，它的产生已经超越了台湾政党转型最困难时期，目前重心仍是增强宋在泛蓝阵营内的发言分量，持续扩大自身实力。该党政策中心主任张显耀４月１４日表示，未来将走温和理性的台湾路线，通过建立党的主体论述、迈向全民政党和讨论党路线三个阶段达到目的。
    就泛绿阵营而言，由于陈水扁胜选连任，泛绿总体掌握的政治资源和整体实力处于增长之中，民进党和台联党在利益结合与分享的前提下还是比较容易团结；民进党提出年底“立委席次过半”的目标后，目前已敲定由张俊雄、李应元主导选战，而且经过陈水扁与李登辉、黄主文的协调后，台联党将在年底“区域立委”选举提名上礼让民进党，民进党“立委”提名８８人至９０人，台联党提名３０人以内。就政党内部而言，民进党有加快政党转型、世代交替的趋势。陈水扁在其党内龙头地位已无人可以撼动的情况下，明确表示将释出更多位置，促进党内中生代的接班，促使苏贞昌、谢长廷、游锡堃三方势力公平竞争；党务改造稳步进行，目前确定由李应元接任党秘书长一职，大选表现出色的文宣部、政策会、青年部等部门副手都将转正。
    陈水扁展开执政布局，“内阁”改组部分完成。尽管选后台湾朝野还有很多争议，但陈水扁的执政布局已逐步展开，其中“内阁”改组部分完成（最终完成要到５月中旬），“总统府”、民进党党务系统和军警宪系统的人事调整也在陆续展开。此次“内阁”改组有３个特点：一是人事调整引起新潮流系不满，民进党派系平衡面临考验；二是“拼经济”意味浓厚，新一届“内阁”将增设一名财经专长的政务委员；三是多位青壮派“立委”入“阁”，民进党世代交替步伐加快。
    陈水扁继续玩弄两面手法，抛出多项政策宣示。一方面为降低国际社会及岛内民众对其继续执政可能引发两岸军事冲突的疑虑，摆出改善两岸关系的姿态。４月２４日晚，陈水扁在罗文嘉、陈其迈等青壮派“立委”的建议下，公开宣示其“中华民国”的正统，即他是依“中华民国宪法”选举并宣誓就任的“中华民国总统”，民进党是“中华民国”的执政党。另外，他还继续表示要推动其所谓和平稳定架构，并于４月２４日晚间宣示，未来会成立“两岸和平发展委员会”，制定“两岸和平发展纲领”。另一方面继续坚持“公投制宪”等强硬“台独”立场，加快渐进式“台独”步伐。４月２７日，陈水扁通过视频方式向所谓“北欧五国台湾议题会议”演讲，再次表达了其“公投制宪”的决心。